農業工程學科主要由PP电子工程学院、机电工程学院、盘算机与信息工程学院支撑建设，学科包罗农业机械化工程、农业水土工程、农业电气化与自动化、农业生物情况与能源工程、农业信息技术5个二级学科，其中农业水土工程学科是国家重点培育学科，农业机械化工程、农业电气化与自动化、农业水土工程学科均为自治区重点学科。农业工程2016年获批第一批自治区“双一流学科”，2023年再次获批自治区“一流拔尖培育学科”。我院主要建设农业水土工程学科，该学科于1986年获硕士学位授予权，1990年获评校级重点学科，1995年获评自治区重点学科，1998年获得博士学位授予权，2003年获批博士后科研流动站，2007年被批准为国家重点培育学科。农业水土工程学科是自治区第一个工学博士学位授权点，也是海内该学科领域第二个博士学位授权点。

農業水土工程學科現有教師13人，其中博士學位12人，博士生導師4人，碩士生導師7人。有國務院特貼等1人次，自治區傑出人才、草原英才、“新世紀321”人才、高等學校青年科技英才等10人次。擁有高效節水技術裝備與水土環境效應內蒙古工程研究中心、內蒙古農業大學海流圖高標准浇灌試驗站、河套灌區野外試驗基地10余個。學科駐河套灌區碩博士流動黨支部被評爲全國首批研究生樣板黨支部。

農業水土工程學科瞄准國際學術前沿、國家重大戰略和自治區經濟社會發展需求，結合“新農科、新工科”建設和一流學科建設，關注農業水資源節約集約利用，重點突破綠色灌排及生態環境效應、中低産田地力提升及鹽堿地綜合改良、作物高效水肥智慧調控與面源汙染防控等關鍵技術、裝備與産品，加速農業水土工程學科高質量發展，以節水-控鹽-減汙協同調控、智慧灌排水肥一體化爲焦点，爲生態宁静屏障和農畜産品生産基地建設提供了科技支撐。

近5年，主持在研或完成國家級科研項目62項，經費6780萬元，其中：國家重點研發計劃課題3項、專題4項，國家自然科學基金重點項目1項、青年地區面上項目21項。省部級科研項目14項，經費2968萬元，其中：自治區重大專項1項、內蒙古傑青1項、內蒙古科技計劃重點項目6項、內蒙古自然基金5項。其他項目15項，經費1042萬元。發表論文320余篇，其中SCI、EI收錄高水平論文140余篇。授權發明專利10項，出书專著教材8部，制定標准8項。獲科技獎勵11項，其中省級自然科學等一、二等獎6項。