水利工程學科由武汉大学、清华大学、天津大学、河海大学等学校的教师与优秀结业生于1958年支边高起点建设。学科有水文学及水资源、水工结构工程、水利水电工程3个二级学科。2000～2006年水文学及水资源、水工结构工程、水利水电工程二级学科硕士点先后获批，2008年获批水利工程一级学科硕士点，2003年、2012年在農業工程學科下自设农业水工修建物、农业水资源利用与掩护二级学科博士点，2018年获批水利工程一级学科博士点，2019年获批水利工程博士后科研流动站。水文学及水资源、水工结构工程划分为自治区重点学科和重点（培育）学科。2023年水利工程學科获批自治区“一流拔尖培育学科”。

学科现有教师61人，其中博士学位50人，博士生导师16人，硕士生导师22人。有国务院特贴、国家万人计划领军人才、新世纪优秀人才支持计划、新世纪百千万人才国家级人选等6人次；有自治区草原英才领军人才、突出孝敬中青年专家、杰青、草原英才等23人次。拥有科技部創新團隊、教育部創新團隊、国家生态定位站、自治区重点实验室和工程中心、野外试验基地、自治区草原英才創新團隊、自治区教学团队等平台22个。学科寒旱区生态·水宁静研究生党支部被评为自治区研究生样板党支部。

學科立足內蒙古，面向寒旱區，圍繞黃河流域生態保護與高質量發展、“四水四定”等國家重大戰略需求以及築牢我國北方重要生態宁静屏障、建設國家重要能源和戰略資源基地、建設國家農畜産品生産基地等自治區重大戰略需求，聚焦生態水文過程、水資源節約集約利用、氣候與環境變化、汙染物遷移轉化、水工新质料、黃河冰水沙輸移與防淩減災等關鍵領域，形成了寒旱區生態水文過程與水資源高效利用、河湖濕地水環境演變與水生態修複、寒旱區水工质料及其凍害防治、寒區河冰過程及災害控制、寒旱區農業水利與信息化技術等五個穩定的研究偏向，培養適應經濟社會發展需要的水利工程高層次人才，持續解決寒旱區水問題，不斷突破卡脖子技術，全力服務支撐國家戰略和自治區“五大任務”。

近5年，主持在研或完成国家级科研项目71项，经费1.71亿元，其中：国家重点研发计划项目5项、课题6项，国家自然科学基金重点项目5项、重点国合1项、青年地域面上项目50项。省部级科研项目90项，经费0.91亿元，其中：自治区科技重大专项项目4项、课题5项，内蒙古自然科学基金重大项目2项、杰出青年培育基金2项、其他47项，自治区科技創新研发推广类23项。发表论文640余篇，其中SCI、EI收录高水平论文260余篇。授权发现专利31项，出书专著25部、教材11部，参编尺度13项。获科技奖励12项，其中省级自然科学、教学结果等一、二等奖9项。