学院有科技部重点领域創新團隊“寒旱区水文历程与情况生态效应”、教育部科技創新團隊“寒旱区水文历程与情况生态效应”、自治区高等学校“北方旱区农业水资源高效利用与水土情况效应”創新團隊、“北方旱区农业节水技术与水土情况效应研究”草原英才工程工业创新人才团队、自治区“农业节水技术与水土情况效应”科技創新團隊、“盐渍化灌区水盐运移机理与盐碱障碍生态调控技术”草原英才工程工业创新人才团队、“河湖湿地水情况掩护与修复”草原英才工程工业创新人才团队、“水资源高效利用的水文历程及其调控技术”草原英才工程工业创新人才团队、内蒙古生态水文与情况遥感研究与应用創新團隊、内蒙古水利生态与农牧业遥感研究与应用創新團隊等省部级創新團隊，培育“寒旱区生态水工质料与水土情况力学”創新團隊，连续开展一流創新團隊建设，全面支撑師資隊伍建设水平提升，全力服务科學研究事情。