土木水利專業學位授權點由2005年起陸續招生的水利工程、農業工程、建築與土木工程碩士專業學位發展而來，于2018年合並爲土木水利專業碩士點，現包罗水利工程、農田水土工程、土木工程3個領域。

學科立足內蒙古，面向行業發展需求，集聚學科優勢，以寒旱區土木水利領域亟待解決的關鍵技術問題爲突破點，在寒旱區水資源評價、水資源配置與規劃、水環境修複、鹽堿地改良、黃河冰淩預警、水工建築物防沖防護、高環境適應性工程质料、環境岩土力學效應等方面形成了特色。密結合國家和自治區經濟社會發展對人才的需求，爲行業培養了一批具有鮮明地域和行業特色、專業技術能力較高的應用型高層次人才。